Observations

... во многих мудростях много печали.

Чем больше я читаю код нашей конторы, тем больше у меня волосы дыбом. Мне этот стиль знаком; так я писал первые года два после вуза. Были бы разрешены в джаве goto, в коде были бы сплошные goto.

  public static boolean bitSetContains(byte[] bits, int bitoff, double dnum ) {
    if (Double.isNaN(dnum)) return true; // we want NAs to go right (fail every test), so !bitSetContains must return false
    int num = (int)dnum;
    assert num >= 0 : "bitSet can only contain integer factor levels >= 0, but got " + num;
    num -= bitoff;
    return (num >= 0) && (num < (bits.length<<3)) &&
      (bits[num >> 3] & ((byte)1 << (num & 7))) != 0;
  }

P.S. Прячу под замок, на всякий случай.